命令行设置R更新源
创建文件 R.home()/etc/Rprofile.site
设置更新源
local({r <- getOption("repos")
r["CRAN"] <- "http://mirrors.aliyun.com/CRAN/"
r["CRANextra"] <- "http://mirrors.aliyun.com/CRAN/"
options(repos=r)})注意 $Rhome 可能是 /usr/local/lib64/R 或者 /usr/lib64/R
常用镜像地址
| Name | URL | host | type |
|---|---|---|---|
| China (Anhui) [https] | https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/ | 中科大 | CRAN_mirror |
| China (Anhui) | http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/ | 中科大 | CRAN_mirror |
| China (Beijing) [https] | https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ | 清华 | BioC_mirror |
| China (Beijing) | http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ | 清华 | BioC_mirror |
rstudio设置更新
修改文件 $Rhome/doc/CRAN_mirrors.csv
Name,Country,City,URL,Host,Maintainer,OK,CountryCode
"Aliyun",China,HangZhou,http://mirrors.aliyun.com/CRAN/,"阿里云代理","admin # Xdmc.org",1,cn
...之后在rstudio中，断网可以选择该代理。
更准确的是，打不开http://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv的时候可选。
该方法从函数chooseCRANmirror的代码看到
修改Rstudio的默认配置
见下图
本地安装源码包
install.packages("path/to/pkg/package_name.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
R包相关操作
# 查看R包安装位置
.libPaths()
# 查看已安装的包
installed.packages()
# 查看包版本
packageVersion("package_name")
# 更新包
update.packages("package_name")
# 加载包
library("package_name")
require("package_name")
# 查看加载的包
.packages()
# 移除已加载的包（将包从R运行环境中移除）
detach("package_name")
# 彻底删除已安装的包：
remove.packages("package_name", lib = file.path("path/to/library"))CRAN镜像下载安装包
# 从CRAN镜像下载安装包
install.packages(pkgs, repos = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
# 从BioC镜像安装包
biocLite(pkg, siteRepos = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
常用函数
# 查看当前镜像地址
getOption("repos")
# 查看R_HOME地址
R.home()
R_HOME/doc/CRAN_mirrors.csv
R_HOME/doc/BioC_mirrors.csv
将镜像添加到配置文件
Bioconductor 镜像源配置文件之一是 .Rprofile (linux 下位于 ~/.Rprofile )。
在文末添加如下语句:
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
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