数据可视化是数据分析的重要环节，而环形图（Circos Plot）是一种独特的可视化方式，它可以展示多个变量之间的关系，例如基因组数据、物种关系、网络连接等等。今天，就来介绍一个 Python 库 —— pycirclize，它可以帮助我们轻松绘制漂亮的环形图。
pycirclize 是什么？
pycirclize 是一个基于 Circos 的 Python 库，Circos 是一款用于绘制环形图的开源软件。pycirclize 提供了 Python 接口，让我们可以用 Python 代码创建各种复杂的环形图。
安装 pycirclize
使用 pip 可以轻松安装 pycirclize：
pip install pycirclizepycirclize 的基本用法
创建画布
首先，我们需要创建一个 Circos 对象，它代表环形图的画布：
from pycirclize import Circos
circos = Circos(figsize=(8, 8), dpi=150) # 设置画布大小和分辨率添加轨道
环形图由多个同心圆轨道组成，每个轨道可以展示不同的数据。使用 track() 方法添加轨道：
# 添加一个名为 "chromosome" 的轨道，半径为 0.8
circos.track(track_id="chromosome", ylim=(0, 1), track_height=0.8)添加元素
pycirclize 支持多种元素类型，例如：
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• Links：连接两个位置的线段，用于展示关系或连接。
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• Highlights：高亮轨道上的特定区域，用于突出显示重要信息。
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• Heatmaps：热图，用于展示数值数据。
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• Scatter Plots：散点图，用于展示两个变量之间的关系。
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• Text Labels：文本标签，用于添加注释或说明。
使用相应的方法添加元素，例如：
# 添加一条连接位置 1 和位置 100 的线段
circos.link("chromosome", 1, 100, color="red", linewidth=2)
# 高亮位置 50 到 75 的区域
circos.highlight("chromosome", 50, 75, color="blue", alpha=0.5)自定义样式
pycirclize 提供了丰富的选项来自定义元素的样式，例如颜色、线宽、透明度等等。
保存图形
使用 savefig() 方法保存图形：
circos.savefig("my_circos_plot.png")pycirclize 的应用场景
pycirclize 可以用于绘制各种类型的环形图，例如：
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• 基因组数据可视化：展示基因组结构、基因位置、突变等等。
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• 物种关系可视化：展示物种之间的进化关系、基因相似性等等。
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• 网络连接可视化：展示网络节点之间的连接关系、流量等等。
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• 任何需要展示多个变量之间关系的场景。
小结
pycirclize 是一个功能强大的 Python 库，它可以帮助我们轻松绘制炫酷的环形图。
原文始发于微信公众号（程序员六维）：pycirclize，一个超炫酷的python库
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